基于質(zhì)譜的蛋白鑒定和表征策略是，蛋白質(zhì)從生物樣本中提取出來后采用自下而上或者自上而下的分析方法。前者，復雜混合物中的蛋白質(zhì)通過酶解后可以被多肽指紋質(zhì)譜直接采集或者進一步在線分離后經(jīng)串聯(lián)質(zhì)譜分析。而鳥槍法是將蛋白質(zhì)混合物完全酶解為大量肽段后，運用多維度液相分離后經(jīng)串聯(lián)質(zhì)譜分析。后者，復雜的蛋白質(zhì)混合物經(jīng)由分級純化為單一蛋白質(zhì)組分或者較為簡單的蛋白質(zhì)混合物，隨后離線打入質(zhì)譜中進行完整蛋白測量和碎裂分析。現(xiàn)在，科學家們常常采用在線的液相質(zhì)譜技術進行大隊列蛋白質(zhì)組學鑒定。
經(jīng)典自下而上質(zhì)譜蛋白質(zhì)組分析策略：
l 鳥槍法，亦稱發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組。其產(chǎn)生的數(shù)據(jù)庫能夠進行生物樣本中龐大數(shù)量的蛋白質(zhì)鑒定，針對較高豐度的蛋白質(zhì)分析重現(xiàn)性非常好。
l 相比發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組方法，明確方向地鑒定、定量分析特定的預定蛋白質(zhì)組，方法重現(xiàn)性更佳。
l 靶向蛋白質(zhì)組以更高檢測靈敏度和動態(tài)范圍定量分析預先選定的小片段蛋白質(zhì)組。
l 采用DIA分析的質(zhì)譜儀器，使得鑒定樣本中所有蛋白質(zhì)成為可能。
